Pupuk Bersubsidi secara garis besar dikelola oleh tiga Kementerian Bersama satu Perusahaan (BUMN). Kementerian terkait adalah Kementerian Keuangan, Kementerian Perdagangan, dan Kementerian Pertanian. PT. Pupuk Indonesia (Persero) adalah bagian dari BUMN yang ditunjuk dan terlibat dalam pengelolaan pupuk Bersubsidi (proses produksi-distribusi).
Kementerian Keuangan memiliki peran menetapkan, mengalokasikan, dan mengeluarkan anggaran untuk kebutuhan Pupuk Bersubsidi. Kementerian Perdagangan memiliki peran menetapkan kebijakan pengadaan dan penyaluran Pupuk Bersubsidi untuk memenuhi kebutuhan Pupuk Bersubsidi di dalam negeri. Dalam memenuhi kebutuhan Pupuk Bersubsidi di dalam negeri, Menteri menugaskan PT. Pupuk Indonesia (Persero) untuk melaksanakan pengadaan dan penyaluran Pupuk Bersubsidi yang diperuntukkan bagi Kelompok Tani dan/atau Petani berdasarkan perjanjian antara Kementerian Pertanian dengan PT. Pupuk Indonesia (Persero).
Kementerian Pertanian berperan dalam penyediaan data kebutuhan definitif pupuk petani melalui eRDKK, Menteri Pertanian menetapkan HPP, HET, dan Volume Penyaluran Pupuk Bersubsidi. Jenis dan peruntukan pupuk bersubsidi ditetapkan oleh Menteri Pertanian sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Peraturan Menteri Pertanian Republik Indoensia Nomor 49 Tahun 2020 Tentang Alokasi Dan Harga Eceran Tertinggi Pupuk Bersubsidi Sektor Pertanian Tahun Anggaran 2021 Pasal 2 dan 3
Peraturan Menteri Perdagangan Nomor 15 Tahun 2013 Tentang Pengadaan dan Penyaluran Pupuk Bersubsidi Untuk Sektor Pertanian, Bab 2, Pasal 2